碘乙酰胺用于有机合成，也用于蛋白组学中半胱氨酸和组氨酸的烷基化试剂，碘乙酰胺与半胱氨酸反应不可逆抑制半胱氨酸酶的活性部位，可以保证蛋白质样品完全变性并保持还原状态，用于多肽测序以及酶抑制剂等，蛋白组学级试剂。